home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00037 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  3.7 KB  |  80 lines
  1. ********************************************
  2. * Myb DNA-binding domain repeat signatures *
  3. ********************************************
  4.  
  5. The retroviral oncogene v-myb , and  its  cellular  counterpart c-myb,  encode
  6. nuclear  DNA-binding  proteins  that  specifically   recognize  the   sequence
  7. YAAC(G/T)G [1]. The myb family also includes the following proteins:
  8.  
  9.  - Drosophila D-myb [2].
  10.  - Vertebrate myb-like proteins A-myb and B-myb [3].
  11.  - Maize C1 protein, a trans-acting factor which  controls  the  expression of
  12.    genes involved in anthocyanin biosynthesis.
  13.  - Maize P protein [4], a trans-acting factor which regulates the biosynthetic
  14.    pathway of a flavonoid-derived pigment in certain floral tissues.
  15.  - Arabidopsis  thaliana  protein  GL1  [5],  required  for  the initiation of
  16.    differentiation of leaf hair cells (trichomes).
  17.  - A  number  of  myb/c1-related proteins in maize and barley, whose roles are
  18.    not yet known [4].
  19.  - Yeast BAS1 [7], a transcriptional activator for the HIS4 gene.
  20.  - Yeast REB1 [8], which recognizes sites  within  both  the  enhancer and the
  21.    promoter  of  rRNA  transcription,  as  well  as  upstream  of  many  genes
  22.    transcribed by RNA polymerase II.
  23.  
  24. One of the most conserved  regions in all of these proteins is a domain of 160
  25. amino acids.  It consists of three tandem repeats of 51 to 53 amino acids.  In
  26. myb, this repeat region has been shown [9] to be involved in DNA-binding.
  27.  
  28. The major part  of  the first repeat  is missing in retroviral v-myb sequences
  29. and in plant myb-related proteins.  Yeast REB1 differs from the other proteins
  30. in this family in having a single myb-like domain.
  31.  
  32. As shown in the following  schematic  representation,  we  have  developed two
  33. signature patterns   for  myb-like  domains;  the  first  is  located  in  the
  34. N-terminal section, the second spans the C-terminal extremity of the domain.
  35.  
  36.      xxxxxxxxxWxxxEDxxxxxxxxxxxxxxWxxIxxxxxxRxxxxxxxxWxxxx
  37.               *********           ************************
  38.  
  39. '*' : Position of the patterns.
  40.  
  41. -Consensus pattern: W-[ST]-x(2)-E-[DE]-x(2)-[LIV]
  42. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  43. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 29.
  44.  
  45. -Note: this pattern detects the three patterns in myb, d-myb, A-myb and B-myb;
  46.  the first of  the two complete copies in plant myb-related proteins,  and the
  47.  last two copies of yeast BAS1.
  48.  
  49. -Consensus pattern: W-x(2)-[LI]-[SAG]-x(4,5)-R-x(8)-[YW]-x(3)-[LIVM]
  50. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  51. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: Xenopus  gap-junction protein beta-
  52.  1, Berne virus RNA polymerase and Caenorhabditis elegans fem-3.
  53.  
  54. -Note: this  pattern  detects  the  three  copies of the domain in myb, d-myb,
  55.  A-myb and  B-myb;  the second of the two complete copies of plant myb-related
  56.  proteins, and the last two copies of yeast BAS1.
  57.  
  58. -Last update: June 1994 / Text revised.
  59.  
  60. [ 1] Biednkapp H., Borgmeyer U., Sippel A.E., Klempnauer K.-H.
  61.      Nature 335:835-837(1988).
  62. [ 2] Peters C.W.B., Sippel A.E., Vingron M., Klempnauer K.-H.
  63.      EMBO J. 6:3085-3090(1987).
  64. [ 3] Nomura N., Takahashi M., Matsui M., Ishii S., Date T., Sasamoto S.,
  65.      Ishizaki R.
  66.      Nucleic Acids Res. 16:11075-11090(1988).
  67. [ 4] Grotewold E., Athma P., Peterson T.
  68.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88:4587-4591(1991).
  69. [ 5] Oppenheimer D.G., Herman P.L., Sivakumaran S., Esch J., Marks M.D.
  70.      Cell 67:483-493(1991).
  71. [ 6] Marocco A., Wissenbach M., Becker D., Paz-Ares J., Saedler H.,
  72.      Salamini F., Rohde W.
  73.      Mol. Gen. Genet. 216:183-187(1989).
  74. [ 7] Tice-Baldwin K., Fink G.R., Arndt K.T.
  75.      Science 246:931-935(1989).
  76. [ 8] Ju Q., Morrow B.E., Warner J.R.
  77.      Mol. Cell. Biol. 10:5226-5234(1990).
  78. [ 9] Klempnauer K.-H., Sippel A.E.
  79.      EMBO J. 6:2719-2725(1987).
  80.